企業(yè)在進行專項審計前，應按照《高新技術(shù)企業(yè)認定申請書》中的格式，準備好企業(yè)研究開發(fā)項目情況表、上年度高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）情況表、企業(yè)年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表以及相關(guān)財務(wù)資料。然后選擇符合條件的中介機構(gòu)，對企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用和近一個會計年度高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入進行專項審計。中介機構(gòu)應客觀、公正地進行審計工作，并出具相應的專項審計報告。